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O JPA não permite entidade feita de colunas de várias tabelas?


Não entendi muito bem sua configuração.

@SecondaryTable é para armazenar uma única entidade em várias tabelas, mas no seu caso você tem um relacionamento muitos-para-um entre diferentes entidades (cada uma armazenada em sua própria tabela), e deve ser mapeado assim:
@Entity 
@Table(name="server") 
public class Server { 
    @ManyToOne
    @JoinColumn(name = "cluster_uuid")
    private Cluster cluster;
    ...
}