Não entendi muito bem sua configuração.
@SecondaryTable
é para armazenar uma única entidade em várias tabelas, mas no seu caso você tem um relacionamento muitos-para-um entre diferentes entidades (cada uma armazenada em sua própria tabela), e deve ser mapeado assim:@Entity
@Table(name="server")
public class Server {
@ManyToOne
@JoinColumn(name = "cluster_uuid")
private Cluster cluster;
...
}