Você não faz backup de information_schema, mas, caso contrário, sim, mantenha uma cópia do seu my.cnf e um dump das tabelas de banco de dados do mysql e configurações de log. Para fazer isso faça:
mysqldump -u$user -p$pass --all-databases > db_backup.sql
Se você vai restaurar para a mesma versão 100% do MySQL, você também pode fazer backup desligando seu servidor e fazendo uma cópia completa do conteúdo de /var/lib/mysql (ou onde quer que seus arquivos de dados estejam) junto com seu arquivo my.cnf. Em seguida, basta colocar a cópia de volta no lugar quando quiser entrar no ar e ligar o servidor.
