Você pode querer tentar o seguinte:
SELECT * FROM your_table ORDER BY your_field = 0, your_field;
Caso de teste:
CREATE TABLE list (a int);
INSERT INTO list VALUES (0);
INSERT INTO list VALUES (0);
INSERT INTO list VALUES (0);
INSERT INTO list VALUES (1);
INSERT INTO list VALUES (2);
INSERT INTO list VALUES (3);
INSERT INTO list VALUES (4);
INSERT INTO list VALUES (5);
Resultado:
SELECT * FROM list ORDER BY a = 0, a;
+------+
| a |
+------+
| 1 |
| 2 |
| 3 |
| 4 |
| 5 |
| 0 |
| 0 |
| 0 |
+------+
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