1. 
   Não entendi sua pergunta aqui.
   
2. 
   Sua ideia é a maneira normal de fazer isso. Você configuraria uma tabela com destinatário_id e message_id e executaria consultas nela para determinar (por exemplo) quais mensagens um determinado usuário possui. Você também pode precisar armazenar dados adicionais nesta tabela, como se o usuário leu a mensagem etc., dependendo das necessidades do seu aplicativo.