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Mesclar e atualizar a chave primária


Crie um AUTO_INCREMENT campo na nova tabela e omita-o da lista de valores:
CREATE TABLE NEW_TABLE (id INT NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY, col1 …, col2 …, …);

INSERT
INTO    new_table (col1, col2, …)
SELECT  col1, col2
FROM    old_table_1
UNION ALL
SELECT  col1, col2
FROM    old_table_2
UNION ALL
…