PHQL WHERE xxx IN() pode obter apenas 1 dado

Como existem poucos exemplos trabalhando com PDO e PHQL aqui e aqui que combina com o seu exemplo, há mais uma abordagem possível no mecanismo do Phalcon queryBuilder:

$builder = $this->modelsManager->createBuilder();
$builder->addFrom('Application\Entities\KeywordsTrafficReal', 'tr')
        ->leftJoin('Application\Entities\Keywords', 'kw.id = tr.keyword_id', 'kw')
        ->inWhere('keyword_id', self::$keywords) // <<< it is an array!
        ->betweenWhere('traffic_date', self::$daterange['from'], self::$daterange['to']);

inWhere O método é acessível apenas via queryBuilder até onde eu sei e funciona exatamente da mesma maneira que os exemplos de PDO mencionados IN (?, ?, ?) . Mas você não precisa implementá-lo manualmente.

Você também pode pular parte da criação do PHQL e dirigir diretamente para criar a consulta SQL, mas com o custo de fazer as próprias validações.

$realModel = new KeywordsTrafficReal();

$sql = sprintf('SELECT * '
            .  'FROM keywords_traffic_real tr '
            .  'LEFT JOIN keywords kw '
            .  'ON kw.id = tr.keyword_id '
            .  'WHERE tr.keyword_id IN(%s) '
            .  "AND traffic_date BETWEEN '%s' AND '%s' ",
        join(',', self::$keywords), self::$daterange['from'], self::$daterange['to']);

$results = new \Phalcon\Mvc\Model\Resultset\Simple(null, $realModel, $realModel->getReadConnection()->query($sql));