Descobri que isso ocorreu quando o MySQL usou muita RAM. Esta pergunta e esta postagem ambos ajudaram com uma maneira de testar e uma solução.
Para mim, adicionar isso ao meu
/etc/mysql/my.cnf arquivo corrigiu o problema. innodb_buffer_pool_size = 12M
Aqui está como eu decidi quanta memória alocar. Inicie tudo menos o MySQL e verifique quanta memória está livre. Defina seu buffer InnoDB para 10% desse valor. Para mim foram 12 milhões.
