sequelize where date cláusula

Sequelize converte a string que você passa em um objeto Date, que tem um tempo atribuído a ele. Se você deseja selecionar registros em uma determinada data (em vez de em um horário exato), você pode fazê-lo assim:

 date: {
     $lt: new Date('2016-10-20'),
     $gt: new Date(new Date('2016-10-20') - 24 * 60 * 60 * 1000)
 }

Ou no seu caso:

models.TblActivitat.findAll(
            {
                attributes: 
                [
                    'codiAct', 'procedencia', 'pacient', 'proces', 'prova', 'rmn', 'realitzador',
                    [Sequelize.fn('date_format', Sequelize.col('data'), '%d-%m-%Y'), 'data']
                ],
                include: models.TblTecnics,
                where: {"data": {
                    $lt: new Date('2016-10-20'),
                    $gt: new Date(new Date('2016-10-20') - 24 * 60 * 60 * 1000)
                } },   //dataAAAAMMDD
                order: "registre DESC"
            }).then(function(tblActTec){
                ...
            });