Você consegue fazer isso:
create table if not exists <tablename> . . .;
truncate table <tablename>;
insert into <tablename>(cols)
select blah blahblah . . .;
Você não precisa de nenhum
if declarações em tudo. 
create table if not exists <tablename> . . .;
truncate table <tablename>;
insert into <tablename>(cols)
select blah blahblah . . .;
if declarações em tudo. 
