Você pode usar JDBC - o meio padrão de fazer com que o Java converse com bancos de dados. Você precisará do MySQL JDBC apropriado condutor. Apache DbUtils fornece algumas classes utilitárias em torno do JDBC e seria útil.

Se você deseja uma API de nível superior que elimine parte do clichê, confira Integração JDBC do Spring .

Se você deseja um ORM (mapeamento relacional de objeto), então Hibernate é uma boa escolha.

Eu usei todos os três em Scala com sucesso.