Eu estava recebendo o mesmo erro e depois de pesquisar as primeiras 4 páginas do google e tentar tudo sugerido (reparar tabelas, mover my.cnf, limpar bloqueios, reiniciar etc) nada funcionou. Acontece que foi porque eu limpei manualmente alguns logs binários antigos (binary.00001, binary.00002 etc), mas não atualizei o arquivo binary.index para corresponder. Eu deletei as linhas apropriadas do binary.index e funcionou.