site.cfg no mesmo diretório que setup.py estava procurando a chave de registro errada, no final do arquivo é
# The Windows registry key for MySQL.
# This has to be set for Windows builds to work.
# Only change this if you have a different version.
registry_key = SOFTWARE\MySQL AB\MySQL Server 5.0
Eu mergulhei no registro e encontrei HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\MySQL AB\ e vi que eu tinha 5.1 em vez disso,
relatando outro erro agora, mas essa questão está resolvida pelo menos;)
