Use uma mesa como você é. O MySQL pode lidar facilmente com bilhões ou linhas de dados. Com alguns bons índices, seu desempenho também deve ser muito bom.

Isso não quer dizer que você não deva procurar garantir um bom design de tabela, mas também não deve se preocupar em lidar com o que você acha que provavelmente é uma grande quantidade de dados - quando, na verdade, é provável que haja uma queda no oceano de conjuntos de dados.

O número de colunas realmente não faz muita diferença, o tamanho da linha pode aumentar o tempo que um disco rígido leva para acessá-las (de acordo com alguns artigos que li), mas ao mesmo tempo, você teria que ter um REALMENTE grande linha para realmente notar a diferença entre milhares de consultas.

Quanto à boa estrutura, depende muito de COMO você precisará usá-la. Se você estiver executando muitas funções de agregação diferentes, certifique-se de ter uma tabela que permita isso. Se você precisar apenas de algumas consultas específicas, pode ser bom criar uma tabela específica de relatório que agregue os dados, digamos, uma vez por dia.

Editar:Notas sobre o limite real do número de linhas:

http://dev.mysql.com/doc /refman/5.1/en/source-configuration-options.html

O mecanismo de armazenamento MyISAM suporta 2^32 linhas por tabela, mas você pode construir o MySQL com a opção --with-big-tables para torná-lo compatível com até 2^64 linhas por tabela.

http://dev.mysql.com/doc/refman /5.1/en/innodb-restrictions.html

O mecanismo de armazenamento InnoDB não parece ter um limite no número de linhas, mas tem um limite no tamanho da tabela de 64 terabytes. Quantas linhas cabem neste depende do tamanho de cada linha.