Estou enfrentando o mesmo problema que você, o problema ocorre apenas quando uso Opera ou chrome.

Para o meu caso, tenho um .htaccess para apontar tudo para o arquivo de índice. Naturalmente o navegador solicitará o script duas vezes, uma para o próprio script, a outra para o favicon.

A correção: Tente editar o .htaccess para evitar o redirecionamento para o arquivo de índice quando o navegador estiver solicitando favicon.ico