JPA no Java SE:Objeto:[email protected] não é um tipo de entidade conhecido

A próxima linha está faltando em seu persistence.xml :

<exclude-unlisted-classes>false</exclude-unlisted-classes>

Esta linha é colocada como no exemplo a seguir:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<persistence version="2.1" xmlns="http://xmlns.jcp.org/xml/ns/persistence" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://xmlns.jcp.org/xml/ns/persistence http://xmlns.jcp.org/xml/ns/persistence/persistence_2_1.xsd">
  <persistence-unit name="SamplePU" transaction-type="RESOURCE_LOCAL">
    <provider>org.eclipse.persistence.jpa.PersistenceProvider</provider>
    <exclude-unlisted-classes>false</exclude-unlisted-classes>
    <properties>
      <property name="javax.persistence.jdbc.url" value="jdbc:derby://localhost:1527/sample"/>
      <property name="javax.persistence.jdbc.password" value="123"/>
      <property name="javax.persistence.jdbc.driver" value="org.apache.derby.jdbc.ClientDriver"/>
      <property name="javax.persistence.jdbc.user" value="root"/>
      <property name="eclipselink.logging.level" value="ALL"/>
      <property name="eclipselink.ddl-generation" value="drop-and-create-tables"/>
    </properties>
  </persistence-unit>
</persistence>