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Erro de coluna desconhecida do MySQL ao usar ALTER, não entendo o comportamento


Eu tive o mesmo problema. Resolvi isso fazendo CHANGE COLUMN (ou MODIFY COLUMN) antes de ADD COLUMN.

No seu exemplo, isso daria a seguinte instrução SQL:
ALTER TABLE `logs`
CHANGE COLUMN `created` `created` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `category`,
ADD COLUMN `updated` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `created`;