A documentação do peewee falou sobre esse problema, aqui está o link:Erro 2006:servidor MySQL desapareceu
Então você tem alguns problemas no gerenciamento de sua conexão com o banco de dados.
Como não consigo reproduzir seu problema, você poderia tentar este, feche seu banco de dados desta maneira:
@app.teardown_appcontext
def close_database(error):
db.close()
E você pode obter algumas informações do documento:Etapa 3:Conexões de banco de dados
