Posso comparar o carimbo de data/hora do MysQL com colunas de data/hora? é ruim?

Sim, você pode comparar um datetime com um timestamp . Não é ruim, mas esteja ciente do seguinte:

De Manual de referência do MySQL ::Os tipos DATETIME, DATE e TIMESTAMP .

Observe como os seguintes casos de teste funcionam bem:

CREATE TABLE t1 (d1 datetime, d2 timestamp);

INSERT INTO t1 VALUES ('1968-01-01 00:00:00', '1980-01-01 00:00:00');
INSERT INTO t1 VALUES ('2040-01-01 00:00:00', '1980-01-01 00:00:00');

SELECT * FROM t1 WHERE d2 < d1;
+---------------------+---------------------+
| d1                  | d2                  |
+---------------------+---------------------+
| 2040-01-01 00:00:00 | 1980-01-01 00:00:00 |
+---------------------+---------------------+
1 row in set (0.00 sec)

SELECT * FROM t1 WHERE d2 > d1;
+---------------------+---------------------+
| d1                  | d2                  |
+---------------------+---------------------+
| 1968-01-01 00:00:00 | 1980-01-01 00:00:00 |
+---------------------+---------------------+
1 row in set (0.00 sec)

SELECT * FROM t1 WHERE d2 < '2040-01-01 00:00:00';
+---------------------+---------------------+
| d1                  | d2                  |
+---------------------+---------------------+
| 1968-01-01 00:00:00 | 1980-01-01 00:00:00 |
| 2040-01-01 00:00:00 | 1980-01-01 00:00:00 |
+---------------------+---------------------+
2 rows in set (0.00 sec)

SELECT * FROM t1 WHERE d2 > '2040-01-01 00:00:00';
Empty set (0.00 sec)