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Nomes de campo de alias no modelo SQLAlchemy ou na tabela SQL subjacente


Aqui está uma solução elegante descrita nos SQLAlchemy Docs , que faz exatamente o que você deseja:
from sqlalchemy.orm import synonym
class User():
    __tablename__ = 'Users'
    username = Column(STRING, primary_key=True)
    id = synonym('username')

Funciona exatamente como esperado:
>>> john = session.query(User).filter_by(id='John Doe').first()
>>> print([john.id, john.username])
['John Doe', 'John Doe']
>>> john.id is john.username
True

A propósito, o User class deve ser uma subclasse de SQLAlchemy declarative_base() classe:
from sqlalchemy.ext.declarative import declarative_base
Base = declarative_base()
class User(Base):
    ...

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