Eu estava lutando com um problema semelhante.
A resposta que encontrei foi relativamente simples..
$queryBuilder -> select('table.column1 alias1, table.column2 alias2');
Você separa usando uma vírgula e usa um espaço após a coluna para colocar o alias da coluna.
EDITAR:
Você não pode misturar objetos com valores. Você só pode fazer um destes:
$qb -> select('tableAlias1', 'tableAlias2')
$qb -> from('table1','tableAlias1')
$qb -> leftJoin('table2','tableAlias2');
OU
$qb -> select('tableAlias1.column1', 'tableAlias2.column1')
$qb -> from('table1','tableAlias1')
$qb -> leftJoin('table2','tableAlias2');
Você terá que especificar cada coluna que deseja recuperar de cada tabela se decidir que precisa extrair determinadas colunas no topo de uma tabela.