Como preencher o valor vazio quando não houver registro naquele dia usando o grupo MySQL por

Você pode usar um truque para gerar uma tabela virtual com todas as datas que você precisa com outra tabela (substitua aux com qualquer tabela em seu banco de dados com 31 registrados pelo menos):

SELECT CONVERT(@d := DATE_ADD(@d, INTERVAL 1 DAY), DATE) AS `d`
FROM
    `aux`,
    (SELECT @d := DATE_SUB(CONVERT(DATE_FORMAT(NOW(), '%Y-%m-01'), DATETIME), INTERVAL 1 DAY)) `x`
WHERE
    @d < DATE_SUB(NOW(), INTERVAL 1 DAY)
LIMIT
    31

E então junte-se à sua mesa:

SELECT
    `aux`.`d` as `Date`,
    SUM(IFNULL(`Clicks`, 0))AS `Clicks`,
    DAY(LAST_DAY(NOW())) AS `Monthdays`
FROM (
    SELECT CONVERT(@d := DATE_ADD(@d, INTERVAL 1 DAY), DATE) AS `d`
    FROM
        `aux`,
        (SELECT @d := DATE_SUB(CONVERT(DATE_FORMAT(NOW(), '%Y-%m-01'), DATETIME), INTERVAL 1 DAY)) `x`
    WHERE
        @d < DATE_SUB(NOW(), INTERVAL 1 DAY)
    LIMIT
        31
) aux
LEFT JOIN
    myTbl
    ON `Date` = `aux`.`d`
GROUP BY `aux`.`d`