Você tem que
LEFT JOIN
a tabela de referência e adicione uma condição dizendo que a linha está ausente nessa tabela. Por exemplo:
DELETE a FROM a
LEFT JOIN b ON b.a_id = a.id
WHERE b.a_id IS NULL;
LEFT JOIN
a tabela de referência e adicione uma condição dizendo que a linha está ausente nessa tabela. DELETE a FROM a
LEFT JOIN b ON b.a_id = a.id
WHERE b.a_id IS NULL;