Eu suponho que você não estava fazendo algum outro DDL naquela mesa mais ou menos ao mesmo tempo?

Para o futuro:

8.0.12 tem ALTER TABLE .. ALGORITHM=INSTANT para ADD COLUMN . Veja Discussão e ALTER Reference e Referência DDL on-line

As seguintes limitações se aplicam quando o algoritmo INSTANT é usado para adicionar uma coluna:

• A adição de uma coluna não pode ser combinada na mesma instrução com outras ações ALTER TABLE que não suportam ALGORITHM=INSTANT.
• Uma coluna só pode ser adicionada como a última coluna da tabela. Não há suporte para adicionar uma coluna a qualquer outra posição entre outras colunas.
• Colunas não podem ser adicionadas a tabelas que usam ROW_FORMAT=COMPRESSED.
• As colunas não podem ser adicionadas a tabelas que incluem um índice FULLTEXT.
• As colunas não podem ser adicionadas a tabelas temporárias. As tabelas temporárias são compatíveis apenas com ALGORITHM=COPY.
• As colunas não podem ser adicionadas às tabelas que residem no tablespace do dicionário de dados.
• Os limites de tamanho de linha não são avaliados ao adicionar uma coluna. No entanto, os limites de tamanho de linha são verificados durante as operações DML que inserem e atualizam linhas na tabela.

Várias colunas podem ser adicionadas na mesma instrução ALTER TABLE.

Se você não pode atualizar, considere o pt-online-schema-change do Percona ou um novo produto concorrente gh-ost (que usa o log binário).