Eu recomendo combinar várias consultas como você tem no exemplo inferior.
INSERT INTO tbl_name (a,b,c) VALUES(1,2,3),(4,5,6),(7,8,9);
Se um dos pares de valores falhar, nenhum dos dados será inserido. Esse método também envia menos caracteres e ida e volta ao banco de dados. A implicação de menos personagens pode não ser tão atraente, mas ainda tem uma pequena vantagem.
EDITAR:
Tim tem uma ótima pergunta. Deixe-me incluir informações de Documento MySQL