Você não pode contanto que join você quer dizer usando SQL JOINS . É, porque a consulta SQL é sempre enviada para um banco de dados ou servidor específico.

Você precisa enviar duas consultas independentes, uma para cada banco de dados e, em seguida, fornecer alguma lógica em PHP para juntá-las por array_merge (junção completa) ou algum script mais avançado.

Não posso ajudar mais sem ver algum código seu.