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Usando COUNT em GROUP_CONCAT


Você precisa COUNT() com GROUP BY em um SELECT interno cláusula primeiro e depois aplique GROUP_CONCAT();
SELECT GROUP_CONCAT(cnt) cnt
FROM (
    SELECT COUNT(*) cnt
    FROM table1
    GROUP BY fk_company
) q;

Resultado:
|   CNT   |
-----------
| 3,2,3,1 |

Aqui está SQLFiddle demonstração.