O que fazemos não está vinculado ao Git ou GitFlow, mas ao próprio banco de dados:

Cada vez que um script db é executado, ele é feito através de um wrapper que também registrará a execução do script em uma tabela dedicada do banco de dados.
Dessa forma, na próxima vez que o mesmo script for aplicado, o wrapper detectará que foi já executado e não o aplicará novamente.

Esta é uma implementação do que um produto como Flyway já faz (como mostrado nesta resposta, você pode usar ambos:Liquidbase e Flyway , eles parecem ser diferentes ).
O ponto é:isso não é gerenciável apenas com um sistema de controle de versão:você precisa de uma ferramenta adicional para impor/controlar o processo de atualização do banco de dados.