Acho que suas perguntas foram praticamente respondidas na pergunta anterior que você se referiu.

1) Quando você cria a tabela. O InnoDB oferece mais vantagens do que apenas bloqueio em nível de linha. Melhor velocidade quando você tem vários clientes sql fazendo atualizações, menos risco de perda/corrupção de dados, integridade referencial etc. é mais confiável e escala melhor.

2) Com apenas 2-3 TPS você não verá nenhuma diferença significativa entre InnoDB e MyISAM. Mesmo em hardware semi-antigo.

Para sua informação, uma unidade de disco moderna deve ser capaz de lidar com pelo menos 200 transações de atualização por segundo.

Eu recomendo que você leia sobre InnoDB , MVCC e ACID .