Verifique se o Tomcat e o MySQL já estão instalados na máquina

Se o Tomcat estiver instalado como um serviço no Windows, você poderá verificar o registro:HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Apache Software Foundation\Tomcat\[version]\InstallPath .

Para ler o registro do Java, você precisaria usar algo como JNA , os métodosAdvapi32Util.registryGetKeys() e Advapi32Util.registryGetStringValue() pode ajudar.