No arquivo
migrations/env.py
arquivo, você encontrará o código responsável por esse problema. config.set_main_option('sqlalchemy.url',
current_app.config.get('SQLALCHEMY_DATABASE_URI'))
Se houver
%
entra no SQLALCHEMY_DATABASE_URI
, isso causará um erro. Você pode resolver isso editando o arquivo
migrations/env.py
arquivo e alterando a linha incorreta da seguinte forma db_url_escaped = current_app.config.get('SQLALCHEMY_DATABASE_URI').replace('%', '%%')
config.set_main_option('sqlalchemy.url', db_url_escaped)
Consulte também a documentação de set_main_option :