É a resposta certa.
O patch usando uma referência a MySql.Data não entrará no tronco em sua forma atual pelos motivos mencionados por Rippo.
No entanto, você não precisa compilar o NH com o patch. Você pode simplesmente injetar o novo Batcher.
É tão fácil quanto:
config.DataBaseIntegration(
db => db.Batcher<MySqlClientBatchingBatcherFactory>());