Como mencionado por Juergen, você pode fazer isso no nível do sistema, em vez do nível da sessão, fazendo a seguinte alteração (ou adicionando) no arquivo my.ini:
auto-increment-increment = 2
auto-increment-offset = 1
ou
auto-increment-increment = 2
auto-increment-offset = 2
Basicamente, isso é muito usado na configuração de replicação mestre-mestre.
