No mysql workbench, o modo de segurança está habilitado por padrão, portanto, se o seu WHERE cláusula não tiver uma chave, ela impedirá a execução da consulta. Tente desabilitar isso usando estas etapas -

Edit> Preferences> Sql Editor> uncheck the "Safe Updates"

Observação - tente reconectar o servidor (Query> Reconnect to Server ) e execute sua consulta novamente.