Eu corri para este mesmo problema com HeidiSQL. O erro que você recebe é muito enigmático. Meu problema acabou sendo que a coluna de chave estrangeira e a coluna de referência não eram do mesmo tipo ou comprimento.

A coluna de chave estrangeira era SMALLINT(5) UNSIGNED e a coluna referenciada era INT(10) UNSIGNED . Depois que fiz os dois do mesmo tipo exato, a criação da chave estrangeira funcionou perfeitamente.