INSERT fica mais lento também, especialmente se você tiver muitos índices que também precisam ser atualizados. Há uma diferença entre os diferentes mecanismos de armazenamento:
MyISAM é mais rápido para muitos SELECT , o InnoDB é mais rápido para muitos INSERT /UPDATE porque usa bloqueio de linha em vez de bloqueio de tabela e a maneira como ele lida com índices.