O sistema vai gerar um processo filho para executar um comando shell .....
O diretório de trabalho atual é uma propriedade de nível de processo.... portanto, você não pode alterá-lo no pai de um processo filho. Por isso não funciona.
Examinei brevemente os documentos do MySQL em http://dev. mysql.com/doc/refman/5.5/en/mysql-commands.html mas não viu um comando direto do CD que altera o diretório de trabalho. Acho que uma pessoa aventureira poderia escrever um....