Como já foi dito no meu comentário, é provável que você não esteja executando o binário PHP que pensou estar executando. Mesmo que o binário MAMP php esteja em seu caminho, a linha shebang em
srdb.cli.php lê #!/usr/bin/php e isso aponta para o binário php fornecido pela Apple. Então, se você invocar o script com o caminho completo para o seu binário MAMP php, o problema deve ser evitado:
/Applications/MAMP/bin/php/php5.3.28/bin/php srdb.cli.php -h 127.0.0.1 -u root -n mydbname -proot -c utf\-8 -s mywebsite.com -r dev.mywebsite.com
Outra solução pode ser substituir a linha shebang por:
#!/usr/bin/env php
Isso funciona apenas se o binário MAMP estiver em seu $PATH na frente de
/usr/bin . Usando #!/usr/bin/env php garante, no entanto, que você esteja sempre usando o mesmo binário, não importa se você está invocando o script via ./srdb.cli.php ou com php srdb.cli.php . 
