MYSQL - como atualizar um campo para todos os itens resultantes da instrução group by select

Você quer dizer que deseja atualizar a tabela onde field1, field2 e field3 estão no conjunto retornado por sua instrução select ?

por exemplo.

update table, 
     ( select field1, field2, field3 
       FROM table WHERE field1= 5  AND field_flag =1 
       GROUP BY field1, field2, field3 limit 1000 ) temp
set table.field_flag = 99 
where table.field1=temp.field1 and table.field2=temp.field2 and table.field3 = temp.field3

Observe que a atualização pode atualizar muito mais de 1.000 linhas.

Uma tabela temporária também pode ser usada:

create temporary table temptab as
select field1, field2, field3 
FROM table WHERE field1= 5  AND field_flag =1 
GROUP BY field1, field2, field3 limit 1000 

 update table, 
        temptab temp
 set table.field_flag = 99 
 where table.field1=temp.field1 and table.field2=temp.field2 and table.field3 = temp.field3

Isso tem a vantagem de que o temptab pode ser usado posteriormente e também que os índices podem ser adicionados para acelerar a atualização:

create index on temptab (field1, field2, field3);