Tente isto:
...
ON DUPLICATE KEY UPDATE
rFormat=VALUES(rFormat),
rFiles=IF(ISNULL(rFiles), VALUES(rFiles), VALUES(rSizeMB)),
rText=VALUES(rText);
Eu não uso coisas mais avançadas do MySQL (como IF) há um tempo, então não tenho certeza sobre isso, mas deve estar certo. A parte chave é definir rFiles para o valor retornado pelo IF.
