http://dev.mysql.com/doc/refman /4.1/en/user-resources.html

A partir do MySQL 4.0.2, você pode limitar o acesso aos seguintes recursos de servidor para contas individuais:

O número de consultas que uma conta pode emitir por hora

O número de atualizações que uma conta pode emitir por hora

O número de vezes que uma conta pode se conectar ao servidor por hora

Informação adicional -

O MySQL não possui um valor de tempo limite de consulta ou qualquer outra forma integrada de acelerar uma consulta individual. No entanto, é bastante trivial escrever um script que elimine consultas de longa duração. Você pode até mesmo capturar o usuário e fazer uma consulta para que você possa derrotar o usuário/programador infrator mais tarde.

Aqui é um exemplo de um usando PERL.