Encontrei duas soluções com o uso do REGEXP do mysql
(1)
`favourite_id` REGEXP '[[:<:]]1[[:>:]]|[[:<:]]2[[:>:]]|[[:<:]]3[[:>:]]' //faster then below
(2)
`favourite_id` REGEXP '(^|,)(1|2|3)(,|$)' //slower then above
`favourite_id` REGEXP '[[:<:]]1[[:>:]]|[[:<:]]2[[:>:]]|[[:<:]]3[[:>:]]' //faster then below
`favourite_id` REGEXP '(^|,)(1|2|3)(,|$)' //slower then above
