Parte do problema de ter uma exportação tão grande é (presumivelmente) devido às redundâncias nela. Existem provavelmente milhares de comandos "INSERT" que, quando carregados de uma só vez, ocupam uma grande quantidade de memória.

Se você tiver exatamente os mesmos dados que um CSV, o que eu faria é criar um pequeno script PHP para percorrer linha por linha o arquivo CSV e criar uma consulta SQL INSERT dinamicamente e executá-la. Isso deve manter o consumo de memória muito baixo, pois você pode continuar substituindo os valores de suas variáveis ​​temporárias (correspondentes aos campos) após cada inserção.

Eu vinculei à função que eu tentaria usar. Chama-se fgetcsv. Esse link também tem alguns scripts de exemplo que acredito que possam ser úteis para você que foram criados por outros usuários.

Boa sorte!

fgetcsv função PHP a ser usada para a leitura linha por linha