Para resolver esse erro, coloquei isso no meu App.config:"codeConfigurationType"
<entityFramework codeConfigurationType="MySql.Data.Entity.MySqlEFConfiguration, MySql.Data.Entity.EF6">
Por quê? Possivelmente o Configurations não está encontrando a localização do MySqlEFConfiguration.
Estou usando aqui somente Mysql , não sei se isso funciona no SQLServer e no Mysql togueter.
Para o seu problema, este link pode ser útil:Link
E você pode ter 2 arquivos configuration.cs separados. Um para MySql e outros para MSSQL
