Minha resposta está atrasada, mas pode ajudar futuros leitores.
Eu tive o mesmo problema. Ao ler a documentação do MySQL sobre as opções de comando do MySQL , descobri que você pode usar
--init-command parâmetro. Portanto, sua linha de comando será simplesmente:(
-v para verbose e é opcional) mysql --init-command="SET autocommit=0;" -v < sql_file.sql
