Parece que você executou a
bundle install como root em algum momento (via sudo bundle install ), o que você nunca deve fazer. Você pode sudo novamente para superar esse problema, como @GurmukhSingh sugere, mas isso só vai agravar o problema e não é uma boa ideia do ponto de vista da segurança. Se você quiser encontrar arquivos no cache do Bundler que não sejam de propriedade de
fil (assumindo que seu nome de usuário é fil ), você pode executar isso:find ~/.bundle/cache ! -user fil -ls
Se isso retornar alguma coisa, é provável que o problema seja que esses arquivos sejam de propriedade de
root (ou algum outro usuário); o -ls sinalizar para find irá mostrar-lhe quem os possui. Você pode excluir os arquivos incorretos e executar a
bundle install novamente, ou você pode alterar a propriedade deles com:chown -R fil ~/.bundle/cache
Você pode precisar verificar todos os arquivos em
~/.bundle e não apenas o cache dir. No futuro, não execute
bundle install via sudo . 
