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Atualizar consulta com LEFT JOIN, variável e incremento automático usando MySQL


seu problema é com LPAD

LPAD é definido assim 
   LPAD(str, len, padstr)

na sua consulta você deve usar assim 
 LPAD(id, 5, 0)

em sua consulta LPAD(@var,5,'0') ele retornará sempre 00001 como @var é 1