Para o seu primeiro problema, inicie o proxy com:
$ /home/user/cryptdb/bins/proxy-bin/bin/mysql-proxy \
--plugins=proxy \
--event-threads=4 \
--max-open-files=1024 \
--proxy-lua-script=$EDBDIR/mysqlproxy/wrapper.lua \
--proxy-address=127.0.0.1:3307 \
--proxy-backend-addresses=127.0.0.1:3306
Observe o uso 127.0.0.1 em vez de localhost .
Para o seu segundo problema, adicione
export EDBDIR=/home/user/cryptdb para o seu .bashrc como sugerido acima. 
