Você pode ver as respostas para esta pergunta Você vai multar idéias.
estou citando algumas respostas
Resumidamente, tente forçar o índice:
SELECT *
FROM mapping_channel_fqdn_virtual_host FORCE INDEX (name of the index you want to use)
WHERE (mapping_channel_fqdn_virtual_host.id IN (1,2,3,4,5,6,7,8,9,10));
Ou use JOIN e veja a explicação
SELECT * FROM mapping_channel_fqdn_virtual_host mcf
JOIN (select max(id) as ids from mapping_channel_fqdn_virtual_host group by channel_id, fqdn_virtual_host_id)) AS mcfv
ON mcf.id = mcfv.ids;
