Finalmente, encontrei a causa raiz do meu problema. Este não é o banco de dados dentro da URL, apenas uma consequência.

O problema vem dos parâmetros JDBC que eu uso:

• cachePrepStmts=true
• prepStmtCacheSize=250
• prepStmtCacheSqlLimit=2048
• useServerPrepStmts=true

O último, com o MySQL 5.6, realmente não é recomendado por causa de bugs. Então eu removi todos os parâmetros de cache de instrução e agora meu código é executado corretamente.

Obrigado pela ajuda.