Qual chave primária você usou?

O InnoDB usa índice clusterizado para que todos os dados estejam na mesma ordem que seus índices de chave primária.

se você não usar a chave primária do tipo de incremento automático, ele fará grandes operações de disco para cada inserção. ele empurra todos os outros dados e insere um novo elemento.

para referência mais longa, tente verificar http:/ /dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/innodb-table-and-index.html